Le marsouin du Pacifique enfin sauvé de l’extinction ?

Le marsouin du Pacifique ou marsouin du golfe de Californie (Phocoena sinus), fait partie de la liste des 100 espèces les plus menacées au monde, établie par l’UICN en 2012. Or, depuis que de nombreuses restrictions ont été mises en place pour réguler les techniques de pêche, que la traque des braconniers s’est accrue, et que l’analyse de son génome a montré des points très positifs, les scientifiques sont plus confiants pour son avenir.

Le marsouin du Pacifique, victime des filets maillants

Le marsouin du Pacifique vit dans le golfe de Californie qui est également appelé mer de Cortes ou mer Vermeille. Ce golfe fait partie de l’océan Pacifique et sépare la péninsule de Basse-Californie du Mexique continental. La région étant majoritairement hispanophone, ce marsouin est également appelé « vaquita marina », le mot vaquita signifiant vachette en espagnol.

Entre 1987 et 2002, de nombreuses interdictions des filets maillants ont été promulguées dans les comtés de la côte californienne où des animaux marins morts s’échouaient sur les plages, empêtrés dans des filets.

Le filet maillant est constitué d’une nappe rectangulaire déployée verticalement dans l’eau. Des flotteurs sont fixés sur sa partie supérieure ; sa partie inférieure est lestée pour maintenir les filets en position verticale. Ce type de dispositif constitue une catastrophe pour la faune sous-marine, car il représente un piège pour le marsouin golfe de Mexique (et tous les marsouins qui vivent dans l’océan Pacifique), mais aussi pour les requins, les loutres de mer, les oiseaux de mer, ainsi que d’autres animaux marins, qui se retrouvent coincés et meurent asphyxiés.

Un triomphe significatif pour le marsouin commun et pour le requin blanc !

D’autres espèces bénéficient des interdictions des filets maillants. Il s’agit par exemple d’un triomphe significatif pour le marsouin commun, qui, dans la seule baie du Morro, est passé de 570 individus en 1990 à plus de 4 000 en 2012.

Une autre espèce qui aura bénéficié de l’interdiction des filets maillants est le grand requin blanc. Il était autrefois capturé par toutes sortes de filets. Depuis la loi sur la protection des ressources marines de 1990, mise en œuvre en 1994 et qui a interdit les filets maillants dérivants et fixes, très peu de grands requins blancs ont été capturés accidentellement.

Les études encourageantes du génome du marsouin du Pacifique

Selon une nouvelle analyse génétique de 2020, menée par NOAA Fisheries et le Vertebrate Genomes Project, le marsouin du Pacifique a survécu en petit nombre dans le golfe de Californie pendant des centaines de milliers d’années. Cependant, l’étude a trouvé peu de signes de consanguinité ou d’autres risques souvent associés aux petites populations.

Cette nouvelle analyse démontre que le petit nombre de survivants de l’espèce ne la condamne pas à l’extinction, et donne donc de l’espoir pour la petite population restante.

« L’espèce, même aujourd’hui, est probablement capable de survivre », a déclaré Phil Morin, chercheur en génétique au Southwest Fisheries Science Center de la NOAA et auteur principal de la nouvelle étude. « Nous pouvons maintenant certifier que les facteurs génétiques ne signifient pas sa perte. Il y a de très bonnes chances qu’il puisse se rétablir complètement si nous parvenons à retirer les filets de l’eau. »

Des populations petites mais stables

Un nombre croissant d’espèces, outre le vaquita marina, ont maintenu des populations petites mais stables pendant de longues périodes sans souffrir de dépression consanguine. Parmi ces espèces figurent, entre autres, le narval, le gorille des montagnes et les renards indigènes des Channel Islands en Californie. Les longues périodes au cours desquelles de petites populations ont survécu peuvent leur avoir donné le temps d’éliminer les mutations nuisibles qui auraient pu autrement mettre en danger la santé de leurs membres.

« Il semble plus fréquent que nous le pensions que des espèces puissent survivre à de faibles effectifs pendant de longues périodes », a déclaré Phil Morin, qui a partagé les résultats obtenus pour le marsouin du Pacifique avec les experts en génétique du monde entier et qui ont contribué à la recherche.

L’idée que les marsouins du Pacifique puissent se maintenir en faible nombre n’est pas nouvelle. Certains scientifiques le soupçonnaient dès le début des années 2000. Aujourd’hui, les outils génétiques avancés qui sont apparus avec la puissance croissante des nouvelles technologies informatiques leur ont permis d’en apporter la preuve.

« Ils ont survécu en petit nombre pendant au moins 250 000 ans », a déclaré Barbara Taylor, chercheur au Southwest Fisheries Science Center. « Sachant cela, nous sommes beaucoup plus confiants. Dans un avenir immédiat, les problèmes génétiques sont le dernier de nos soucis. »

Séquençage du génome du Vaquita

La nouvelle analyse a examiné les tissus vivants d’une femelle vaquita marina capturée dans le cadre d’un ultime effort international en 2017 pour sauver cette espèce en voie de disparition. Ses cellules ont révélé la séquence génomique la plus complète et de haute qualité de tout dauphin, marsouin ou baleine à ce jour, générée en collaboration avec le Vertebrate Genomes Project.

Le séquençage a été dirigé par Olivier Fedrigo, Jacquelyn Mountcastle et Erich Jarvis de l’université Rockefeller. « Nous avons estimé qu’il était de notre devoir moral de générer une référence de haute qualité de cette espèce au bord de l’extinction », a déclaré Erich Jarvis. Ce n’est qu’au cours des dernières années que les progrès des technologies de séquençage et des ordinateurs puissants ont rendu possible une reconstruction aussi détaillée.

Le génome du marsouin du Pacifique n’est pas diversifié, mais les animaux sont en bonne santé. À l’automne 2019, de nouveaux individus, dont trois juvéniles, ont été observés dans leur habitat principal. La robustesse des jeunes marsouins du Pacifique suggère que la consanguinité ne nuit pas à leur santé.

« Ces exemples et d’autres indiquent que, contrairement au paradigme d’un ‘tourbillon d’extinction’ qui peut condamner les espèces à faible diversité, certaines espèces ont persisté avec une faible diversité génomique et une petite taille de population », ont écrit les scientifiques dans la nouvelle étude.

Les données génétiques suggèrent que l’habitat isolé du marsouin du Pacifique dans l’extrême nord du golfe de Californie a abrité environ 5 000 vaquitas pendant environ 250 000 ans.

« Un petit nombre ne signifie pas nécessairement la fin d’une espèce, si elle bénéficie de la protection dont elle a besoin », a déclaré Barbara Taylor. « En biologie de la conservation, nous sommes toujours à la recherche du risque. Nous ne devrions pas être si pessimistes. La vue de ces trois marsouins du Pacifique juvéniles en bonne santé et avec leurs mères nous encourage à persévérer dans la protection dont ils ont besoin pour vraiment se rétablir. »